Durante la revuelta urbana de 1318-20, los ciudadanos atacan el castillo apoyados por Afonso Suárez de Deza, teniente de las fortalezas arzobispales, y el infante don Felipe. El primer asedio al castillo, en el que incendian algunas dependencias, tiene lugar en febreiro de 1319. Tras dos años anos de conflictos, durante los que el arzobispo no conseguirá entrar en la ciudad y pasará temporadas refugiado en Rocha Forte y Pontevedra, Berenguel pone fin al levantamiento.
La revuelta termina de forma sanguinaria, entremuros de la fortaleza, el 16 de septiembre de 1320. Los hombres del arzobispo asesinan a Afonso Suárez de Deza y otros once líderes de las revueltas urbanas, y consiguen restituir el poder del arzobispo en Compostela. Al mes siguiente, como castigo a los aliados de los rebeldes, envía sus tropas a Terra do Deza para atacar los castillos de los Churruchaos y apoderarse das fortalezas de Ponte Ledesma, Galegos, Férveda e Chapa. También acabó con el castillo de Felpós, base de la actividad del noble Alvar Sánchez de Ulloa.
La experiencia de este levantamiento y el asedio sirvió para que Berenguel se diese cuenta del potencial estratégico del castillo. Por eso decidió reconstruirlo y reforzarlo para asentar su poder en la zona, potenciando su arquitectura militar y dándole una nueva configuración, siguiendo las tendencias más innovadoras en la Europa del momento. Y lo mismo hizo con la catedral de Santiago, a la que convirtió en una auténtica fortaleza.